خردکن زباله های پزشکی به طور خاص برای خرد کردن زباله های پزشکی به قطعات استفاده می شود، همچنین به نام خردکن زباله های بیمارستانی، متعلق به خردکن دو شافت (خردکن دو شافت) است.با توجه به مواد زائد مختلف، شامل: خردکن ماسک جراحی، خردکن گاز بانداژ، خردکن انژکتوری، خردکن ضایعات دارویی، خردکن داروهای تاریخ مصرف گذشته، خردکن لباس جراحی، خردکن لباس های ایزوله و غیره است.